Mỗi vùng miền khác nhau có cách thưởng thức trứng vịt lộn khác nhau, tại Hà Nội quả trứng được gỡ khỏi vỏ và bỏ ngay vào bát nhỏ (không dùng cốc), dùng thìa xắn, ăn bình thường. Ở Miền Nam Việt Nam, trứng sau khi luộc chín được đặt trên một cái chung nhỏ, đầu to của trứng hướng lên trên, sau đó chỉ việc dùng thìa bóc vỏ ở đầu trên của trứng,rồi ăn với các gia vị đi kèm. Đây cũng là món nhậu rất được người miền Nam ưa chuộng. Ở Đà Nẵng, phần gia vị ăn kèm cũng có khác hơn so với những vùng miền khác. Người ta thường làm nước mắm và đu đủ chua ngọt,thêm vào những gia vị cay và nóng như rau răm, ớt hiểm,gừng để giảm vị tanh của trứng. Ở Phan Thiết, ngoài các gia vị thông dụng ,người ta còn ăn kèm trứng vịt lộn với đồ chua ngọt làm từ cà rốt và củ cải. Cách thức ăn thì giống như của miền Bắc và miền Nam.

Khách du lịch phương Tây và những người lần đầu nhìn thấy và ăn thử trứng vịt lộn thường thấy e ngại và không dám ăn trứng vịt lộn. Nguyên nhân có lẽ là do hình con vịt đã rõ ràng đủ hết mọi bộ phận, lông cánh khiến họ thấy kinh sợ đến nỗi món ăn này thường xuyên xuất hiện trong chương trình thử thách lòng can đảm Fear Factor (chương trình TV mà người tham gia còn phải ăn giun xay và các thứ tương tự khác). Ngoài ra trứng vịt lộn còn xuất hiện 2 lần trong Survivor: Palau, 1 lần trong Survivor: China.